各種設定ファイル（https://doc.6plan.net/?page_id=80）をコピーして保存しておくことで、問題が生じたときに復元できます。
もっと簡単な方法はAPC-Proのフォルダごとコピーしておいてください。
必要に応じて設定ファイルを戻してください。
PCを入れ替えるときにも、フォルダごと移動させるだけです。
また、アマゾンのアカウントを複数利用している場合、同じＰＣ上では設定をわける必要があると思います。そういった場合もAPC-Proをフォルダ分けし、設定もそれぞれ行うことができます。